A marca “Editora CFJJ” surgiu e se afirmou nos anos de 2003/2004 com a publicação de diversos materiais pedagógicos utilizados no programa de capacitação de magistrados judiciais e do Ministério Publico em Direito do Ambiente, da terra e de Florestas e Fauna Bravia, com apoio técnico da FAO e apoio financeiro do Reino dos Paises Baixos. Desde então a editora vem publicando obras sobre diversos temas e com recurso a outras fontes de financiamento, inclusive receitas próprias, no entanto, até o ano de 2014 a maior parte das obras foi produzida com recursos advindos do Programa Pró Justiça cujos fundos foram sempre garantidos pelo Reino da Dinamarca, através da DANIDA. A segunda maior fonte de financiamento continuou sendo os programas e projectos realizados com apoio técnico da FAO, cujos recursos financeiros provinham do Reino dos Países Baixos e do Reino da Noruega. A partir de 2014, com a retirada dos fundos da DANIDA, a actividade manteve-se em funcionamento com recursos provenientes do Orçamento do Estado.